在清朝征服漠南蒙古也就是内蒙古之后，又不停的向漠北蒙古也就是喀尔喀蒙古渗透自己的势力。面对清朝强大的压力，原本混战不休的喀尔喀蒙古和卫拉特蒙古不得不考虑联合。于是，在1640年，喀尔喀蒙古三部汗王与漠西卫拉特蒙古诸位首领共26名贵族举行了会盟，制定了《喀尔喀卫拉特法典》。《法典》明晰了贵族的权利和义务，调整了蒙古各部的关系，从新整合了力量，共同应对清朝的征服。在这次会盟之后，喀尔喀汗王们策动了内蒙古的滕吉斯对于清朝的叛乱，并亲自率兵支援。但在清朝的强力反击之下，滕吉斯被镇压，喀尔喀派出的援军也遭到惨败。随后喀尔喀诸汗王对于清朝表示了妥协和退让，与之保持了30多年的和平状态。
到1686年，喀尔喀诸部发生内讧，直接导致了准噶尔汗国的入侵，诸部汗王和大活佛哲布尊丹巴一世纷纷南逃到内蒙古境内，寻求清朝保护。清朝康熙皇帝亲率大军迎战准噶尔军并大败之。借着这次胜利的余威，康熙皇帝在1691年于多伦诺尔与喀尔喀各王公会盟，这标志着喀尔喀蒙古也就是外蒙古正式服从了清朝的统治。
但事情还没有结束，清朝降伏了外蒙古，将其作为征服准噶尔汗国的前哨站。外蒙古诸部也就理所当然的承担了清朝征服战争的种种义务。据喀尔喀蒙古文档案记载，在1715年至1735年（康熙五十四年到雍正十三年），清朝从喀尔喀四部征调骟马二十三万匹，骡马五万三千匹，骆驼约十万峰，牛四千头，绵羊两百万只，毡子三万块。这是实物征调，还有繁重的徭役，在阿尔泰台、塞尔乌苏乌里雅苏台、塞尔乌苏恰克图的驿站，都要令喀尔喀兵供役，在喀尔喀边境上还设有许多哨所和卡伦。吐谢图汗部共设28座卡伦，赛因诺颜部和扎萨克图汗部共设19座卡伦，在喀尔喀西端还设立26座卡伦，都要派遣喀尔喀兵驻守，而各王公还要为这些卡伦供应一切军需物资，至于清朝军队的物资运输也完全由喀尔喀人负担。
这样的竭泽而渔，使得喀尔喀蒙古不堪负重，牧民大量破产，“过度的征集大量骆驼、马匹和绵羊，除了那些两岁的儿马和母马外，最后把牧民所剩下的全部马匹都烙上汗的印记登记了”，“无限制的勒索，带来了兀鲁斯人民的破产。”（《蒙古近代史纲》）。于是，成群的人逃到俄罗斯避难。据俄国档案记载，1730年有2091帐蒙古人赶着5210峰骆驼，68465匹马，14962头牛和131610只羊逃到俄国境内。原因是“在此之前他们向中国皇帝以牲畜纳贡。自从洪台吉（指噶尔丹策零）的战争开始之后，繁杂的赋税多了起来。最后为了移居洪台吉地方，受蒙古将军和王的命令，一个不留的同妻子儿女一同参加征战洪台吉的军队。”（赛切夫斯基《中国边界历史笔记》）另据记载，1734年有喀尔喀人935帐逃到尼布楚地区，俄国地方当局将他们用武力遣返。但不久又有540帐逃入俄境，经遣返后，又有227帐第三次逃到俄国境内。俄国是喀尔喀蒙古人曾经英勇抵抗过的侵略者，现在却成了他们避难的港湾。可想而知受到的压迫剥削何等严重。
这样的剥削使得喀尔喀蒙古人对于清朝的不满日益高涨，而1755年冬又发生了白灾和瘟疫，对于卡尔喀蒙古来说更是雪上加霜。在这个多事之秋，清朝乾隆皇帝杀死了因为疏忽而放走准噶尔首领阿穆尔萨纳的扎萨克亲王额璘沁，额璘沁是喀尔喀蒙古大活佛哲布尊丹巴二世的哥哥。他的被杀引起了诸王公的普遍愤怒，这就引起了1756年的“撤驿之变”。
撤驿之变是以撤驿站、弃哨探为形式的反清斗争。它的发起人青衮扎布是喀尔喀蒙古很有名望的贵族，他与阿穆尔萨纳交好，因此在看到额璘沁被杀后，为求自保，起了反叛之心。虽然是出自私心，但因为正好与喀尔喀人不满清朝的情绪相契合，因此引起了相当大的动乱，各地牧民纷纷举行暴动，撤驿弃哨，袭击清军，并对平素依靠官府势力发放高利贷进行勒索的汉商进行打击，清朝在漠北的驿站全部瘫痪。但是，青衮扎布没有利用牧民的反抗情绪，仅仅想联络上层王公。而上层王公又不敢对清朝彻底翻脸，撤驿之变仅维持了数月便彻底失败。青衮扎布父子被杀，追随者遭到残酷镇压。
这次事件，使得清廷对喀尔喀蒙古加强了警惕，从而用各种手段加强对外蒙古的控制。
首先是设置了驻库伦办事大臣，直接对中央负责，管理土谢图汗部、车臣汗部和哲布尊丹巴活佛属民的所有事务，将土谢图汗、车臣汗和哲布尊丹巴活佛这些在喀尔喀蒙古有着崇高威望和号召力的贵族架空，处于绝对控制之下。
其次，收回了策凌家族的特权，改革了定边左副将军制度。策凌家族对清朝平定准噶尔立有大功，策凌被封为超勇襄亲王，并被任命为定边左副将军，全面负责喀尔喀军政事务。策凌死后，清廷对其子成衮扎布的继承其位几经变化，但因为喀尔喀内部尚未稳定，而没有最终收回他的权力。成衮扎布死后，其弟车布登扎布袭位，这时喀尔喀已经稳定，便以“强占游牧”的罪名免除了他的将军职务，派内蒙古喀喇沁王公瑚图灵阿担任。到乾隆四十五年，则开始委派八旗出身的大臣担任此职。定边左副将军职务由清朝直接委派大臣担任，标志着外蒙古的军政清朝从间接管辖转为直接管辖。
更为重要的，就是对于在喀尔喀蒙古人中有着崇高威望的哲布尊丹巴活佛的转世系统的操纵。一世和二世哲布尊丹巴活佛都是在喀尔喀贵族土谢图汗家族中转世，从三世开始，清朝操纵必须在藏人中转世，并成为定制。活佛系统和喀尔喀贵族上层的血缘联系被切断。
这些措施的实行，对于稳定外蒙古地区的统治无疑十分有利。但加重了外蒙古贵族和普通牧民对于清廷的不满。这些不满在清朝如日中天的时候，至多会出现一些牢骚，一些小的冲突，但在清朝大厦将倾的时候，便星火燎原一般汇集成分离运动的大火。
鸦片战争之后，清朝内忧外患日甚一日，原本看成是樊篱的各少数民族地区都成为各列强的势力范围。蒙古地区的局势也愈加混乱、复杂，日、俄等国的势力逐渐深入其中。1912年7月第三次“日俄密约”签订时，两国相互承诺，“俄国承认日本在东北的特殊利益，日本承认俄国在外蒙古和西蒙古地区的利益”。这个条约，仅仅是俄日两国划分势力范围，俄国对于外蒙古地区的觊觎，是从来毫不掩饰的，频频利用清朝驻库伦办事大臣和外蒙古诸王公的矛盾，积极策划外蒙古从中国分离。
俄国所进行的策划，最为主要的借口便是清朝当局对于在漠北蒙古人中享有至高无上地位的哲布尊丹巴活佛的不尊重。这倒也不完全是捏造，自1840年以后，哲布尊丹巴八世没有一次被清廷召见，而在他之前的五十年，历任哲布尊丹巴活佛没有受过一次朝廷的褒奖。朝廷的态度也影响了驻库伦办事大臣对于哲布尊丹巴的态度。1878年，新被任命为办事大臣的满人大臣志刚，刚一到任，便要求废除以往办事大臣谒见哲布尊丹巴时的叩拜礼，并要求哲布尊丹巴站立起来迎接。如果不从，便要上奏朝廷，让朝廷来解决。几经交涉，志刚终于同意哲布尊丹巴不用起身迎接，但也从此免除了叩拜之礼。以后的办事大臣也都遵循此例。
这个问题现在看起来感觉无足轻重，但对于当时的外蒙古地区的蒙古人简直是不可忍受，而对于哲布尊丹巴自己，也视之为耻辱。
基于以上的问题，我们就不难理解在1911年辛亥革命爆发前夜，有18名蒙古王公在库伦附近的博克多乌拉山中举行秘密会议，所通过的向哲布尊丹巴八世递送的呈文内容了：
‘我们的确再不能忍受满清办事大臣和官员们的贪欲，以他们对我国权利的掠夺了。虽然，努力争取独立和保护我们的黄教与国家是必要的，但是如果没有外国的援助，要独立将是困难的。因此，我们将派特使去我们的北方邻邦俄国，并以友好的方式阐述这些事实，请求它考虑给我们援助。杭达多尔济亲王、大喇嘛车林齐密特和官员海山已被任命为特使。‘（希.散达格《蒙古政治外交》第1卷，第244页，1971年乌兰巴托版）
这个呈文，明白的说明要“争取独立”，原因是清朝对外蒙古“权力的掠夺”和要“保护我们的黄教”。
而在独立政府向内蒙古王公发出的第一次《檄文》中也说：“现值南方大乱，各省独立，清皇权势，日就凌夷。国体变更，指日可待”；“我蒙古亦应联合各盟，自立为国，以便保我黄教，而免受人权力压制之苦。自应协力同心，奋勉图维”
在第二次《檄文》中又说：“现南路敌人，行将举兵来伐，即应妥为防守，以固疆土。凡交界关卡之处，须不时细心巡查，免贻祸患。相应飞咨喀尔喀连界之锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭盟长等，及阿拉善王查照，传饬所属各旗传谕各游蒙各沙毕奴仆等，如何定居？黄教如何扶持？各情形具闻，当奉法旨。非图独立，继难生存。”（《民国经世文编》第十八册）。
到1686年，喀尔喀诸部发生内讧，直接导致了准噶尔汗国的入侵，诸部汗王和大活佛哲布尊丹巴一世纷纷南逃到内蒙古境内，寻求清朝保护。清朝康熙皇帝亲率大军迎战准噶尔军并大败之。借着这次胜利的余威，康熙皇帝在1691年于多伦诺尔与喀尔喀各王公会盟，这标志着喀尔喀蒙古也就是外蒙古正式服从了清朝的统治。
但事情还没有结束，清朝降伏了外蒙古，将其作为征服准噶尔汗国的前哨站。外蒙古诸部也就理所当然的承担了清朝征服战争的种种义务。据喀尔喀蒙古文档案记载，在1715年至1735年（康熙五十四年到雍正十三年），清朝从喀尔喀四部征调骟马二十三万匹，骡马五万三千匹，骆驼约十万峰，牛四千头，绵羊两百万只，毡子三万块。这是实物征调，还有繁重的徭役，在阿尔泰台、塞尔乌苏乌里雅苏台、塞尔乌苏恰克图的驿站，都要令喀尔喀兵供役，在喀尔喀边境上还设有许多哨所和卡伦。吐谢图汗部共设28座卡伦，赛因诺颜部和扎萨克图汗部共设19座卡伦，在喀尔喀西端还设立26座卡伦，都要派遣喀尔喀兵驻守，而各王公还要为这些卡伦供应一切军需物资，至于清朝军队的物资运输也完全由喀尔喀人负担。
这样的竭泽而渔，使得喀尔喀蒙古不堪负重，牧民大量破产，“过度的征集大量骆驼、马匹和绵羊，除了那些两岁的儿马和母马外，最后把牧民所剩下的全部马匹都烙上汗的印记登记了”，“无限制的勒索，带来了兀鲁斯人民的破产。”（《蒙古近代史纲》）。于是，成群的人逃到俄罗斯避难。据俄国档案记载，1730年有2091帐蒙古人赶着5210峰骆驼，68465匹马，14962头牛和131610只羊逃到俄国境内。原因是“在此之前他们向中国皇帝以牲畜纳贡。自从洪台吉（指噶尔丹策零）的战争开始之后，繁杂的赋税多了起来。最后为了移居洪台吉地方，受蒙古将军和王的命令，一个不留的同妻子儿女一同参加征战洪台吉的军队。”（赛切夫斯基《中国边界历史笔记》）另据记载，1734年有喀尔喀人935帐逃到尼布楚地区，俄国地方当局将他们用武力遣返。但不久又有540帐逃入俄境，经遣返后，又有227帐第三次逃到俄国境内。俄国是喀尔喀蒙古人曾经英勇抵抗过的侵略者，现在却成了他们避难的港湾。可想而知受到的压迫剥削何等严重。
这样的剥削使得喀尔喀蒙古人对于清朝的不满日益高涨，而1755年冬又发生了白灾和瘟疫，对于卡尔喀蒙古来说更是雪上加霜。在这个多事之秋，清朝乾隆皇帝杀死了因为疏忽而放走准噶尔首领阿穆尔萨纳的扎萨克亲王额璘沁，额璘沁是喀尔喀蒙古大活佛哲布尊丹巴二世的哥哥。他的被杀引起了诸王公的普遍愤怒，这就引起了1756年的“撤驿之变”。
撤驿之变是以撤驿站、弃哨探为形式的反清斗争。它的发起人青衮扎布是喀尔喀蒙古很有名望的贵族，他与阿穆尔萨纳交好，因此在看到额璘沁被杀后，为求自保，起了反叛之心。虽然是出自私心，但因为正好与喀尔喀人不满清朝的情绪相契合，因此引起了相当大的动乱，各地牧民纷纷举行暴动，撤驿弃哨，袭击清军，并对平素依靠官府势力发放高利贷进行勒索的汉商进行打击，清朝在漠北的驿站全部瘫痪。但是，青衮扎布没有利用牧民的反抗情绪，仅仅想联络上层王公。而上层王公又不敢对清朝彻底翻脸，撤驿之变仅维持了数月便彻底失败。青衮扎布父子被杀，追随者遭到残酷镇压。
这次事件，使得清廷对喀尔喀蒙古加强了警惕，从而用各种手段加强对外蒙古的控制。
首先是设置了驻库伦办事大臣，直接对中央负责，管理土谢图汗部、车臣汗部和哲布尊丹巴活佛属民的所有事务，将土谢图汗、车臣汗和哲布尊丹巴活佛这些在喀尔喀蒙古有着崇高威望和号召力的贵族架空，处于绝对控制之下。
其次，收回了策凌家族的特权，改革了定边左副将军制度。策凌家族对清朝平定准噶尔立有大功，策凌被封为超勇襄亲王，并被任命为定边左副将军，全面负责喀尔喀军政事务。策凌死后，清廷对其子成衮扎布的继承其位几经变化，但因为喀尔喀内部尚未稳定，而没有最终收回他的权力。成衮扎布死后，其弟车布登扎布袭位，这时喀尔喀已经稳定，便以“强占游牧”的罪名免除了他的将军职务，派内蒙古喀喇沁王公瑚图灵阿担任。到乾隆四十五年，则开始委派八旗出身的大臣担任此职。定边左副将军职务由清朝直接委派大臣担任，标志着外蒙古的军政清朝从间接管辖转为直接管辖。
更为重要的，就是对于在喀尔喀蒙古人中有着崇高威望的哲布尊丹巴活佛的转世系统的操纵。一世和二世哲布尊丹巴活佛都是在喀尔喀贵族土谢图汗家族中转世，从三世开始，清朝操纵必须在藏人中转世，并成为定制。活佛系统和喀尔喀贵族上层的血缘联系被切断。
这些措施的实行，对于稳定外蒙古地区的统治无疑十分有利。但加重了外蒙古贵族和普通牧民对于清廷的不满。这些不满在清朝如日中天的时候，至多会出现一些牢骚，一些小的冲突，但在清朝大厦将倾的时候，便星火燎原一般汇集成分离运动的大火。
鸦片战争之后，清朝内忧外患日甚一日，原本看成是樊篱的各少数民族地区都成为各列强的势力范围。蒙古地区的局势也愈加混乱、复杂，日、俄等国的势力逐渐深入其中。1912年7月第三次“日俄密约”签订时，两国相互承诺，“俄国承认日本在东北的特殊利益，日本承认俄国在外蒙古和西蒙古地区的利益”。这个条约，仅仅是俄日两国划分势力范围，俄国对于外蒙古地区的觊觎，是从来毫不掩饰的，频频利用清朝驻库伦办事大臣和外蒙古诸王公的矛盾，积极策划外蒙古从中国分离。
俄国所进行的策划，最为主要的借口便是清朝当局对于在漠北蒙古人中享有至高无上地位的哲布尊丹巴活佛的不尊重。这倒也不完全是捏造，自1840年以后，哲布尊丹巴八世没有一次被清廷召见，而在他之前的五十年，历任哲布尊丹巴活佛没有受过一次朝廷的褒奖。朝廷的态度也影响了驻库伦办事大臣对于哲布尊丹巴的态度。1878年，新被任命为办事大臣的满人大臣志刚，刚一到任，便要求废除以往办事大臣谒见哲布尊丹巴时的叩拜礼，并要求哲布尊丹巴站立起来迎接。如果不从，便要上奏朝廷，让朝廷来解决。几经交涉，志刚终于同意哲布尊丹巴不用起身迎接，但也从此免除了叩拜之礼。以后的办事大臣也都遵循此例。
这个问题现在看起来感觉无足轻重，但对于当时的外蒙古地区的蒙古人简直是不可忍受，而对于哲布尊丹巴自己，也视之为耻辱。
基于以上的问题，我们就不难理解在1911年辛亥革命爆发前夜，有18名蒙古王公在库伦附近的博克多乌拉山中举行秘密会议，所通过的向哲布尊丹巴八世递送的呈文内容了：
‘我们的确再不能忍受满清办事大臣和官员们的贪欲，以他们对我国权利的掠夺了。虽然，努力争取独立和保护我们的黄教与国家是必要的，但是如果没有外国的援助，要独立将是困难的。因此，我们将派特使去我们的北方邻邦俄国，并以友好的方式阐述这些事实，请求它考虑给我们援助。杭达多尔济亲王、大喇嘛车林齐密特和官员海山已被任命为特使。‘（希.散达格《蒙古政治外交》第1卷，第244页，1971年乌兰巴托版）
这个呈文，明白的说明要“争取独立”，原因是清朝对外蒙古“权力的掠夺”和要“保护我们的黄教”。
而在独立政府向内蒙古王公发出的第一次《檄文》中也说：“现值南方大乱，各省独立，清皇权势，日就凌夷。国体变更，指日可待”；“我蒙古亦应联合各盟，自立为国，以便保我黄教，而免受人权力压制之苦。自应协力同心，奋勉图维”
在第二次《檄文》中又说：“现南路敌人，行将举兵来伐，即应妥为防守，以固疆土。凡交界关卡之处，须不时细心巡查，免贻祸患。相应飞咨喀尔喀连界之锡林郭勒、乌兰察布、伊克昭盟长等，及阿拉善王查照，传饬所属各旗传谕各游蒙各沙毕奴仆等，如何定居？黄教如何扶持？各情形具闻，当奉法旨。非图独立，继难生存。”（《民国经世文编》第十八册）。